【2026年最新】10月1日施行！在留資格申請手数料改定の変更点と最新ニュースまとめ

2026年9月23日 2026年9月23日

行政書士新川健人

出入国在留管理庁を中心に、在留資格や外国人受け入れ体制に関する見直しが大きく進んでいます。申請手続きに関わる手数料の改定や制度の再編、特定の在留資格に関する運用の見直しなど、実務や外国人材の運用に影響する重要ニュースをまとめました。

1. 在留手続き手数料の改定（10月1日より施行）

政府の決定により、在留資格の変更・更新および永住許可等の申請手数料が改定されることとなりました。

更新・変更許可手数料の見直し: 従来の一律料金から見直され、窓口での申請時は期間等に応じて最大75,000円（オンライン申請時は最大65,000円）となります。
永住許可手数料の改定: 従来の10,000円から最大20,0000円へと改定案が整理されています。
経過措置: 施行日前の申請分については、許可時期が10月以降になった場合でも原則として従来の料金体系が適用されます。

2. 育成就労制度の導入に向けた準備と要領見直し

従来の技能実習制度に代わる「育成就労制度」について、2027年4月の本格施行に向けた環境整備が進んでいます。

施行日前申請の開始: 制度移行を円滑に進めるため、事前手続きの運用が順次スタートしています。
短期研修型の再編: 従来の「企業単独型技能実習1号」のうち短期研修にあたる枠組みは、2027年4月以降「企業内転勤2号」へ移行・統合される方針が提示されました。
二国間協定の締結: スリランカやラオスなどの認定送出機関リストの公表が進むなど、受け入れルートの明確化が行われています。

3. 特定技能制度の運用・審査の強化

特定技能制度をめぐっては、上限管理と運用の適正化が進められています。

「外食業」分野の新規受け入れ調整: 運用上の上限値到達に伴い、特定技能1号「外食業」に関する新規の在留資格認定証明書（COE）交付等の制限措置が講じられています。
特定技能2号の実態確認強化: 2号資格への変更申請において、実質的な指揮監督機能や管理業務を行う実態があるかを確認するため、新たな誓約書の提出が義務付けられました。虚偽記載があった場合には受け入れ企業側の欠格事由に該当する可能性があります。

4. 永住許可ガイドライン・在留カード様式の見直し構想

中長期的な在留管理の透明性と厳格化に向けた検討も続いています。

永住審査基準の明確化: 独立の生計を営む要件（収入基準）の適正化や、年金・社会保険の納付状況、日本語能力に関する基準の整理が進められています。
新様式在留カードの運用検討: 券面記載事項の一部をICチップへ集約する新様式カードへの移行検討がなされており、今後の本人確認・カードチェック実務に変化が生じる見込みです。

Q.10月1日施行の在留手数料改定について、変更前の料金と改定後の金額一覧、企業の実務対応のポイントを詳しく教えてください。

2026年10月1日施行の改正入管法施行令により、在留資格の変更・更新および永住許可の手数料が改定されます。従来の一律料金から「許可される在留期間」に応じた段階制へ変更されるため、外国人材を雇用する企業の実務やコスト管理に大きな影響が生じます。

新旧の料金体系および企業が抑えるべき実務対応のポイントを解説します。

1. 変更前後の手数料一覧

在留資格認定証明書（COE）交付申請は従来通り無料（対象外）ですが、在留資格変更・期間更新・永住許可の手数料は以下のように変更されます。

在留資格変更許可・在留期間更新許可の手数料

改定後は「申請の種類」ではなく「審査の結果許可された在留期間」によって金額が決まります。

許可される在留期間	変更前（窓口）	変更前（オンライン）	改定後（窓口）	改定後（オンライン）
3か月以下	6,000円	5,500円	10,000円	10,000円
3か月超〜 6か月以下	6,000円	5,500円	18,000円	15,000円
6か月超〜 1年未満	6,000円	5,500円	25,000円	21,000円
1年	6,000円	5,500円	33,000円	27,000円
1年超〜 3年未満	6,000円	5,500円	48,000円	42,000円
3年以上〜 5年未満	6,000円	5,500円	64,000円	56,000円
5年以上	6,000円	5,500円	75,000円	65,000円

※オンライン申請時の改定後料金には、指定決済事業者へ支払う決済手数料が別途発生します。

永住許可の手数料

変更前: 窓口 10,000円 / オンライン 10,000円
改定後: 窓口 200,000円 / オンライン 200,000円（※決済手数料別途）

2. 企業の実務対応における重要なポイント

① 適用基準は「許可日」ではなく「受付日」

新料金が適用されるかどうかは入管での受付日が基準となります。

2026年9月30日までに申請受付（受理）されたもの: 許可が10月以降になっても旧料金（6,000円/5,500円）が適用されます。
2026年10月1日以降に申請受付されたもの: 新料金が適用されます。

実務アクション: 在留期限が2026年12月末までの社員は、在留期限の3か月前から更新申請が可能です。9月中に前倒しで申請を完了させることで旧料金を適用させることができます。

② オンライン申請における納付方法の変更

窓口申請は従来通り収入印紙で納付しますが、オンライン申請では収入印紙による納付が原則不可となり、指定事業者を通じた「コンビニ決済」または「銀行決済（インターネットバンキング等）」へ変更されます。

クレジットカード決済や社内振込フローが法人の会計運用に合致しているか事前に確認が必要です。
案内メール（指定決済用）受領後の支払い手続き手順を社内で標準化しておく必要があります。

③ 負担主体の明確化と社内規程の整理

手数料が従来の数倍から十数倍に跳ね上がるため、費用の会社負担ルールを整理する必要があります。

特定技能・技能実習等: 制度上、企業負担が望ましいとされる資格の運用費用を見直す。
技術・人文知識・国際業務等: 従来は会社負担としていた企業も多いですが、雇用契約書や就業規則、各種社内申請規程において「会社負担か個人負担か」の明記・見直しを行っておくことでトラブルを防げます。

④ 長期在留期間（3年・5年）を取得できる体制整備

改定後の料金構造は、1年更新を繰り返すよりも「長期間の許可を取得して更新回数を減らす」ほうが年当たりの費用負担が低くなる設計になっています。

適切な労務管理、社会保険・納税手続きのコンプライアンス遵守徹底
カテゴリー1・2企業への区分昇格に向けた体制づくり
雇用契約期間の見直し（有期契約から無期契約への転換など）

よくある質問

10月1日施行の在留手続き手数料改定に関して、企業の人事担当者や外国人社員から寄せられる「よくある質問（FAQ）」をまとめました。

Q1. 手数料の金額は申請時に分かりますか？

A. いいえ、申請時ではなく「許可が出た時点」で判明します。

今回の改定では、申請の種類ではなく「実際に許可された在留期間」に応じて手数料が決定されます。審査完了後に交付されるハガキ（窓口の場合）や決済案内メール（オンラインの場合）に確定金額が記載されます。事前に費用を確定させることはできません。

Q2. 9月中（施行日前）に申請すれば旧料金が適用されますか？

A. はい。2026年9月30日までに「受付（受理）」された申請であれば、許可が10月以降になっても旧料金が適用されます。

判断基準は「許可日」ではなく「入管での受付日」です。そのため、在留期限が12月末まで（3か月前から更新申請が可能）の社員については、9月中に前倒しで申請を完了させることで旧料金（窓口6,000円／オンライン5,500円）が適用されます。

Q3. 海外から呼び出す手続き（COE交付申請）も値上げされますか？

A. いいえ、COE（在留資格認定証明書）交付申請は従来どおり無料（手数料なし）です。

今回の改定対象は「在留資格変更許可」「在留期間更新許可」「永住許可」の3つです。海外からの新規入国時の手続き費用には影響しませんが、入国後に迎える最初の在留期間更新時には新料金が適用されます。

Q4. 在留カードの単なる更新（永住者など）も20万円かかりますか？

A. かかりません。カードの有効期間更新は従来通り無料です。

永住者が7年ごとに行う「在留カード有効期間更新申請」に手数料は発生しません。改定後の20万円は、一般の在留資格から新たに「永住許可」を受ける際の申請に対する手数料です。

Q5. オンライン申請の手数料はクレジットカード決済で支払えますか？

A. クレジットカード決済は使えなくなります。

10月1日以降のオンライン申請は「コンビニ決済」または「銀行決済（インターネットバンキング等）」のみとなります。また、申請本体の手数料とは別に「指定決済手数料（330円〜550円程度）」が別途発生します。窓口申請の場合は従来どおり「収入印紙」での納付です。

Q6. 手数料は企業が負担しなければならない法律上の義務がありますか？

A. 法定の全額負担義務はありません（資格により実質的な要請あり）。

技人国（技術・人文知識・国際業務）などの就労資格において、会社が負担するか本人負担とするかは企業の任意（労務規程による）です。ただし、特定技能や技能実習制度においては、運用上企業側の負担が推奨・要請される側面があるため注意が必要です。費用高騰によるトラブルを防ぐため、社内規程の明記が推奨されます。

Q7. 企業のトータル費用を抑えるために有効な施策はありますか？

A. 適切な労務・納税管理を行い、「3年」や「5年」の長期在留期間を取得できるようにすることです。

改定後の体系では、1年更新を繰り返すよりも「長期間の許可を得て更新回数自体を減らす」方が、年当たりの費用・工数ともに大幅に削減できます。社会保険や納税の徹底、雇用契約期間の見直し（有期から無期への転換など）を企業側で整えることが最も効果的なコスト対策になります。

Q8.10月からのオンライン申請で導入されるコンビニ・銀行決済の支払い手順と、企業の経費精算フローの注意点を教えてください。

2026年10月1日以降のオンライン申請分から、在留許可手数料の納付方法は「収入印紙」から「コンビニ決済または銀行決済」へ完全移行します（クレジットカードやPayPay等のQRコード決済は対象外）。

従来の「収入印紙を購入して納付書に貼る」運用ができなくなるため、経費精算フローや支払手続きの標準化が必須となります。具体的な手順と企業の実務上の注意点を解説します。

1. オンライン申請における支払い手順

オンライン申請後の納付手続きは、入管の審査完了後に送信されるメールを起点として進行します。

審査完了メール受信後、決済案内メールを受信
- 出入国在留管理庁の審査が完了すると、システム登録メールアドレス宛に決済用URLが含まれたメールが届きます。
- 指定送信元: @service-dgft.com （指定決済代行業者）
決済方法を選択
- メール内のリンクを開き、「コンビニ決済」または「銀行決済（Pay-easy / インターネットバンキング / ATM）」を選択します。
支払いの実施と決済手数料
- 在留手数料（本体）とは別に、指定決済手数料（330円または550円）が加算されます。
- コンビニ店頭または銀行のPay-easy等で支払いを完了させます。
許可証・新在留カード等の受領
- 入金データが入管システムへ反映された後、新しい在留カード等の受領（または郵送受取）手続きが可能となります。

2. 企業経費精算フローにおける注意点・実務対策

注意点①：クレジットカード決済・後払いが不可

企業で一般的な法人口座直結のクレジットカード決済が使用できません。

コンビニ決済の場合: 現金での支払いが原則となるため、担当者や外国人本人の一時的な立替が発生しやすくなります。
銀行決済の場合: 社内インターネットバンキング（Pay-easy対応）を利用するか、銀行ATM等での振込対応が必要です。

実務対策: 社内振込フロー（ネットバンキング）に組み込むか、人事・総務部門で「小口現金」や「法人用デビットカード/Pay-easy口座」を準備し、立替負担を個人の負担にしない運用設計を行います。

注意点②：決済手数料（330円〜550円）の仕訳・領収書管理

改定後の在留手数料（本体）に加えて決済手数料が加算されるため、経費精算時の領収証（受領書）の取り扱い整理が必要です。

コンビニ発行の受領書やネットバンキングの振込控には「在留手数料＋決済手数料」の合算値（または内訳）が印字されます。
会計処理上の勘定科目は、手数料本体を「租税公課（または諸会費）」、決済手数料を「支払手数料」として仕訳分担するルールを社内経理とすり合わせておきます。

注意点③：決済案内メールの受信用メールアドレス管理

決済案内メールは、在留申請オンラインシステムに「利用登録しているメールアドレス」宛に届きます。

担当者の異動や退職、あるいは外国人本人の個人アドレス宛に届いて放置されると、納付期限切れによる在留カード交付遅延が発生します。

注意点④：【厳重警戒】フィッシング詐欺メール対策

今回の変更に伴い、出入国在留管理庁より偽の納付案内メール（フィッシング詐欺）への強い注意喚起が出されています。

本物の案内送信元ドメイン: @service-dgft.com のみ
これ以外のドメインや、紙の「納入通知書」が届いた場合は偽物です（入管から納入通知書が郵送されることはありません）。

まとめ

手数料の段階制移行: 2026年10月1日より、在留更新・変更手数料は一律料金から許可期間に応じた料金（最長5年で最大75,000円）へ改定、永住許可は200,000円となります。
9月中申請で旧料金適用: 判断基準は「申請受付日」のため、12月末までに期限を迎える社員は9月30日までの前倒し申請が有効です。
オンライン決済の変更: 収入印紙・クレジットカードは不可となり、「コンビニ・銀行決済（Pay-easy）」へ一本化されます（決済手数料別途）。

「自社の場合はどう対応すべきか」「9月中の申請に間に合うか」など、気になる点がございましたら、まずはお気軽にご相談ください。

代表行政書士

行政書士新川健人: ・日本行政書士会連合(登録番号第25271950号)
・京都府行政書士会(会員番号第3070号)
・申請取次行政書士(第172025200209号)
京都在住。外国人の就労ビザ、配偶者ビザ申請、国際結婚など国際業務を専門。スピード対応が得意。