【最新】在留資格のオンライン申請は手数料改定＆完全キャッシュレス化へ！注意点と変更点まとめ【2026年10月改定】

2026年10月17日 2026年10月17日

行政書士新川健人

2026年10月1日より、出入国在留管理庁（入管）の「出入国管理及び難民認定法施行令」等の改正に伴い、在留資格手続きの手数料額の改定およびオンライン申請時の納付方法の大幅な変更が実施されます。

これまで主流だった収入印紙による納付から、コンビニ決済や銀行決済（Pay-easy・インターネット銀行）へと移行し、オンライン申請分は収入印紙での支払いが不可となります。

申請日によって適用される料金や支払い手順が大きく変わりますので、手続き予定の方は必ずチェックしておきましょう。

1. 申請受付日による違い（収入印紙 vs キャッシュレス）

手数料額や支払い方法は、「許可日」ではなく「申請受付日」を基準に判断されます。

項目	2026年9月30日以前の申請	2026年10月1日以降の申請（オンライン）
納付方法	収入印紙（従前どおり）	コンビニ決済 / 銀行決済（Pay-easy等）
支払手段	手数料納付書に印紙貼付	クレジットカード・QR決済・窓口現金は不可
手数料額	改定前の一律料金	許可される在留期間等に応じた改定後料金
決済手数料	なし	別途 220円〜550円が必要

※注意点

2026年9月30日以前に申請した場合は、許可（または交付）が10月1日以降になっても改定前の手数料（収入印紙）が適用されます。

窓口（対面）で申請する場合は、10月1日以降であってもこれまでどおり収入印紙での支払いとなります。

2. 💡【重要】キャッシュレス化後も「在留カードの郵送手続き」は引き続き必要！

納付方法がコンビニ決済や銀行決済へと電子化されても、在留カードの郵送（または窓口提出）手続きが不要になるわけではありません。

オンライン申請で許可が出た後の流れは以下のようになります。

審査完了＆決済：メール案内に従ってコンビニや銀行で手数料を決済します。
在留カード等の郵送（※郵送受取を選ぶ場合）：
- 現在所持している在留カード（原本）
- 返信用封筒（簡易書留等）
新しい在留カードの受領：入管から新しい在留カード（旧カードは穴あけ無効化処理されて返却）が郵送で届きます。

⚠️ 手数料をオンラインで支払っても、現在お持ちの在留カード原本を入管へ送付・提示しなければ新しい在留カードは交付されません。 郵送手続きの手間や日数は従来通り発生しますのでご注意ください。

3. 【改定後】オンライン申請の手数料額一覧

2026年10月1日以降のオンライン申請では、在留期間等に応じて手数料額が変わるほか、決済事業者への決済手数料（税込）が別途加算されます。

■ 在留資格変更許可 / 在留期間更新許可

従来の「一律 5,500円」から、許可される期間に応じた料金体系へ変更されます。

許可される在留期間	改定後手数料	決済手数料	支払合計額
3か月以下	10,000円	330円	10,330円
3か月超〜 6か月以下	15,000円	330円	15,330円
6か月超〜 1年未満	21,000円	330円	21,330円
1年	27,000円	330円	27,330円
1年超〜 3年未満	42,000円	330円	42,330円
3年以上〜 5年未満	56,000円	550円	56,550円
5年以上	65,000円	550円	65,550円

■ 再入国許可 / 就労資格証明書交付

手数料自体の変更はありませんが、決済手数料が追加されます。

許可の種類	改定後手数料	決済手数料	支払合計額
再入国許可（1回限り）	3,500円	220円	3,720円
再入国許可（数回）	6,500円	220円	6,720円
就労資格証明書交付	1,600円	220円	1,820円

4. オンライン決済の流れと注意点

支払い手順の流れ

審査完了メールの受信：在留申請オンラインシステムより審査完了の通知が届きます。
決済案内メールの受信：決済代行会社より、手数料額と決済用URLが記載されたメールが届きます。
支払い手続き：案内に従い、コンビニまたは銀行（Pay-easy / ネットバンキング）にて支払います。
- ※銀行窓口での支払いは不可（ATMまたはネットバンキングを使用）。
受取：原則として受取日の前日までに支払いを完了させ、新しい在留カード等を受け取ります。

申請中・カード受取時の厳守事項

オンライン申請を行う際や審査期間中・新しい在留カードを受け取るまでの間は、以下の点に十分留意してください。

① 在留期限から2か月を経過する前の受取（特例期間の制限）

在留期間更新許可申請等を行った場合、審査中に元の在留期限を迎えても、最長2か月間（または処分が決定するまで）は引き続き日本に滞在できます（特例期間）。

しかし、新カードの交付を受けないまま元の在留期限から2か月を経過してしまうと、日本に滞在することができなくなります。 審査結果が出たら速やかに手数料の支払いを済ませ、新しい在留カードを受理してください。

② 申請内容の変更（退職・転職等）は速やかに連絡

申請時から状況が変わった場合（例：申請後に勤務先を退職・転職した、離婚したなど）、申請受付先の地方出入国在留管理局へ速やかに連絡・届出を行ってください。

変更を連絡しないまま許可を受けた場合、後から在留資格が取り消されるおそれがあります。

③ 審査期間中のパスポート・在留カード写しの携帯

新しい在留カードを受領するまでの間、不法滞在・不所持とみなされないよう、申請人本人は現在所持している在留カードの写しおよびパスポートを必ず携行させてください。

④ 郵送受領中の出国に関する注意（みなし再入国許可の適用外）

オンライン申請等で新しい在留カードを「郵送」で受け取る手続きを進めており、手元に実物の在留カードがない状態のときは、みなし再入国許可を利用して日本国外へ出国することができません。

もし在留カードが手元にない状態で急遽出国する必要が生じた場合は、申請人の居住地を管轄する地方出入国在留管理局の窓口へ出向き、通常の再入国許可を受ける必要があります。

❓ よくある質問（Q&Aまとめ）

Q. クレジットカードやPayPayなどのQR決済は使える？👉 使えません。 コンビニ決済または銀行決済（Pay-easy／ネットバンキング）のみとなります。
Q. 領収書や支払い証明の提出は必要？👉 原則として提出不要です。ただし確認を求められる場合があるため、受領メールや控えは在留カード受取完了まで保存してください。
Q. 取次者（行政書士等）が複数人分をまとめて一括決済できる？👉 一括決済はできません。 申請1件ごとに決済用リンクが発行されるため、件数ごとに個別の決済手続きが必要です。
Q. オンライン申請で減免措置は受けられる？👉 オンライン申請は減免措置の対象外です。減免を受ける場合は、窓口での申請手続きが必要となります。

まとめ

2026年10月以降のオンライン申請では、「収入印紙が使えなくなること」「在留期間に応じた手数料改定があること」「指定ドメインからのメールで決済を行うこと」の3点を押さえておくことが重要です。

受信拒否設定の確認や振り込みスケジュールの管理を行い、スムーズな更新手続きを行えるよう準備しておきましょう。

代表行政書士

行政書士新川健人: ・日本行政書士会連合(登録番号第25271950号)
・京都府行政書士会(会員番号第3070号)
・申請取次行政書士(第172025200209号)
京都在住。外国人の就労ビザ、配偶者ビザ申請、国際結婚など国際業務を専門。スピード対応が得意。